La comunidad científica recomienda una mejora sustancial del conocimiento de los acuíferos, el establecimiento de redes de seguimiento fiables y una mayor implicación de la administración y los usuarios para lograr una gestión sostenible de los acuíferos. El principal objetivo del proyecto AQUIFER es capitalizar, ensayar, difundir y transferir prácticas innovadoras para la preservación, el seguimiento y la gestión integrada de los acuíferos, que apoyen la toma de decisiones en la gestión de las aguas subterráneas. También pretende mejorar la transferencia de tecnología a los actores locales, crear nuevas sinergias y desarrollar herramientas comunes en un contexto de escasez de agua y amenazas medioambientales. El principal elemento innovador del proyecto AQUIFER es la consideración del problema en su totalidad: la experimentación de herramientas de gestión sobre los componentes «cantidad» y «calidad» del agua: gestión de la recarga, seguimiento hidrológico y modelización de redes, en particular. También se pretende detectar, probar y poner en práctica innovaciones gracias a los 3 clusters del agua vinculados a una red de actores del sector del agua, y a la creación de una herramienta de decisión para difundir las buenas prácticas mediante la creación de una plataforma web transnacional.